母体的免疫系统会攻击胚胎，将其视为外来物，一般正常女性的免疫系统会产生免疫耐受性，选择性接受胚胎不攻击。而耐受度较低者身体防御机制会比较强，攻击胚胎造成反复流产、胎停。
其中免疫不孕的原因，临床经验统计包含：抗磷脂质抗体、抗红斑性狼疮抗体、抗甲状腺球蛋白抗体等，也有抗精子抗体，推测可能是对精虫产生抗体导致破坏精虫活动力。
研究认为，这些抗体会作用在血管壁内膜细胞，抑制前列腺素生成，使得凝血素增加，引起血管收缩、血小板凝集、形成血栓及堵住胎盘血管，无法提供养分给胎儿;或是造成胎盘发炎，产生抗体排斥胚胎。
