疼痛是异位症的主要症状之一。有痛经者约占70%。年轻妇女可以有痛经，一般以月经第一天最重，以后很快好转。随着年龄增长疼痛程度逐渐减轻，婚后或生孩子后一般痛经消失。如果原来没有痛经，几年后或生孩子后才开始出现，或者原来有痛经，以后越来约重，生孩子后也不见好转，都可能是得了异位症。
异位症的痛经还有一个很大特点，就是越疼越厉害，不少人为此去看病。此外，原来痛经的妇女，如果痛经的时间发生了变化，比如，原来是月经第1-2天，现在整个月经期都痛，有的提前几天就开始痛，月经干净了肚子还在痛，都要想到异位症。“巧克力囊肿”还容易在月经期及其前后破裂，造成突发性下腹痛，有时容易误诊为阑尾炎而到外科去做手术。
不孕是异位症的另一主要症状
月经异常，可有经量增多，经期延长及经前淋漓出血等，和卵巢功能障碍或并发疾病有关。宫颈或阴道的异位症可引起异常出血，甚至大量出血。
少数人有经期发热，多见于有卵巢巧克力囊肿的患者，盆腔粘连较广泛。
内异症是妇科临床的较复杂和疑难疾病，呈渐进性发展趋势，大约40%有不孕可能，建议中西结合综合治疗，尤其是抓住手术后的有利时机，尽早妊娠，既是治疗，又解决生育问题。
妇科检查子宫常为后位，后壁峡部、宫骶韧带或后陷凹可触及有明显触痛的硬节。若子宫侧后方可触及活动差的包块，提示合并有卵巢巧克力囊肿。
